Ce séminaire mensuel a lieu le mardi à 14h, alternativement sur les sites de Jouy en Josas, Évry et l'AgroParisTech.
Le programme est disponible sur le site du groupe SSB.
Pour se rendre à l'Unité Mathématique, Informatique & Génome (INRA-Jouy en Josas) plan d'accès sur www.jouy.inra.fr
Pour se rendre au Laboratoire Statistique et Génome (Évry) plan d'accès.
Pour se rendre à l'AgroParisTech, 16 rue Claude Bernard à Paris, plan d'accès sur www.agroparistech.fr
Vendredi 18 novembre 2011 à 15h,
Jérôme Sueur (Laboratoire Origine et Structure de la Biodiversité, Muséum national d'Histoire naturelle)
Titre : Estimation de la biodiversité animale par l'acoustique : concepts et techniques
Titre : Single-pair parent-specific copy number analysis
Résumé
It has been nearly a decade since the first DNA-microarray
experiments for studying genomic aberrations and inferring copy
numbers were first done. Several statistical methods have since
evolved providing us with better signal-to-noise ratios and improved
detection of copy number aberrations. More recently, the inference on
parent-specific copy numbers (PSCNs) based on SNP microarrays have
gained interest and a handful of methods have been proposed. Here we
will present a method (Paired PSCBS) that allows us to obtain
high-quality PSCNs from a single pair of tumor-normal samples without
the use of external references or prior estimates.
L'article correspondant est ici
- à 11h, Josée Dupuis (Boston University),Meta-analysis of genome-wide association results allowing for gene-by-environment interactions.
Transparents (accès restreint)
- à 14h, Christophe Biernacki (Université de Lille 1), Simultaneous Variables Clustering and Selection in Regression Models.
Transparents (accès restreint)
Mercredi 21 septembre 2011 à 11h,
Eric Kolaczyk (Boston University, en visite au labo)
Titre : Some Results on Asymptotics for Inference in Networks
Résumé
Contrary to the classical i.i.d. context, or even the contexts of time series or spatial data, there are a variety of seemingly “basic” inferential tasks in the context of networks for which the appropriate methodologies and/or the supporting theory is not yet developed. In particular, there is currently very little in the way of asymptotic statistics. In this talk I will discuss ongoing work on confidence intervals for network parameters in two settings: (i) parameter inference in exponential random graph models; and (ii) estimation of network summary characteristics.
Transparents (accès restreint)
Titre : Quelques ébats physiques avec des séquences de protéines: profils, analyse harmonique, répétitions, périodicité…
Résumé
Des méthodes de la physique pour le traitement de signal (autocorrélation, analyse harmonique) sont utilisées pour analyser les séquences biologiques (protéines). Les résultats reflètent bien la structure 3D.
La méthode SVD permet de mieux comprendre les matrices de substitution (Blosum, PAM) et établir un “profil complet” d'une séquence.
Transparents (accès restreint)
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