Logiciels

CODA: Conserved Domain Architectures : extension du projet DomainSieve à la recherche d'architectures conservées de domaines protéiques.

DomainSieve: Interface Web pour la recherche de domaines protéiques spécifiques à certains ensembles d'espèces bactériennes.

DRIMM: DRIMM is a software dedicated to the estimation of Drifting Markov Models. DRIMM provides four programs : 1. DRIMM : Estimation of DMM by different methods. 2. PVALUEdmm : Compute the p-value of a word under a DMM. This program needs a configuration file generated by DRIMM and a markov file generated by Spatt. 3. PROBAword : Compute, at each position in the sequence, the probability that a word appears. This program needs a configuration file generated by DRIMM. 4. PROBAlength : Compute, at each position, the probability of appearance of the word of size length who appears in this position. This program needs a configuration file generated by DRIMM.

flyGATE: Base de données des élements transposables chez D. melanogaster avec une classification des familles d'éléments transposables.

FUEATEST: The Fast Unbiased and Exact Allelic Test is dedicated to case-control association studies using bi-allelic markers. Since the allelic test as it is classically performed via Chi-square or Fischer-exact tests, introduce a bias that results in putative false predictions, we developped this test as an efficient alternative. It computes an unbiased and exact p-value. Fast (due to a clever implementation) and availbable under different versions, this test is convenient for any use.

G1DBN: Module R pour la reconstruction de réseaux génétiques : inférence d'un réseau bayésien dynamique à partir d'indépendence d'ordre 1.

LHiSA: LHiSA is an algorithm dedicated to large-scale association studies which aims to identify segments of genome involved in a disease. It is based on Local Score statistic and an automatic selection of the significant segments.

Mixnet: Mixnet, previously known as ERMG : a new probabilistic model for random graphs called ERMG (Erdös-Renyi Mixture for Graphs

N-Local Decoding: Application Web permettant l'exécution et la visualisation des résultats du programme de classification de sequences à l'aide de la méthode de N-Ecriture.

Panow: PANOW (Poisson Approximation for the Numbers of Occurrences of Words) est un logiciel pour la recherche de mots rares dans des séquences biologiques.

PeriodS: Logiciel de recherche de périodes statistiquement significatives dans des séquences biologiques

R'HOM: R'HOM (Recherche de régions HOMogènes) est un programme pour la segmentation de séquences d'ADN en régions de composition homogènes par chaînes de Markov cachées. L'utilisateur choisi le nombre de type de composition différentes et la longueur des mots à prendre en compte. Les paramètres sont ensuite estimés par maximum de vraisemblance (algorithme EM) et la séquence est finalement segmentée avec l'algorithme forward backward. R'HOM a été initialement développé pendant la thèse de doctorat de Florence Muri et a été ensuite en grande partie ré-implémenté.

Seq++: Bibliothèque de classes pour la modélisation et l'analyse de séquences biologiques à l'aide de chaînes de Markov

SHIBA: SHIBA : Short Inversions in BActeria. Application Web pour l'exploration des résultats d'une recherche systématique de segments courts inversés dans les génomes bactériens.

SHOW: SHOW (Structured HOMgeneity Watcher) permet une utilisation souple des modèles de chaînes de Markov cachées. L'utilisateur peut construire son propre modèle dont les paramètres peuvent ensuite être estimés par maximum de vraisemblance avec l'algorithme EM. Le modèle peut alors servir a faire des prédictions avec l'algorithme forward-backward (posterior decoding) ou avec l'algorithme de Viterbi. Il peut aussi servir à simuler des séquences. SHOW implémente aussi un détecteur de gènes bactériens. L'utilisateur n'a alors pas a se soucier du modèle ni des paramètres. SHOW a déja servi a annoter des genomes complets publiés.

SIC: SIC : Scan Inverse Complementary. Logiciel pour la recherche de segments inversés dans les séquences biologiques.

Simone: SIMoNe (Statistical Inference for MOdular NEtworks) is a R package which enables inference of gene-regulatory networks based on partial correlation coefficients from microarray experiments. Modelling gene expression data with a Gaussian Graphical Model, the algorithm estimates nonzero entries of the concentration matrix, in a sparse and possibly high-dimensional setting. Its originality lies in the fact that it searches for a latent modular structure to drive the inference procedure through adaptive penalization of the concentration matrix.

SPatt: Logiciel d'analyse statistique des motifs dans les séquences biologiques.